雖然工控機配件的高兼容性是一大趨勢，但由于競爭的需要或技術發展的局限性，目前市場上有許多接口(電氣結構)兼容，但不能發揮能力，甚至不能配合產品的使用，使許多不認識工業控制計算機產品的用戶陷入了"陷阱"。
首先是超頻芯片組的限制，在英特爾方面，即使選擇了酷睿3-9350K這款主流甚至偏低端的處理器，要想實現超頻的話，就必須購買高端的Z370或Z390芯片組主板，H310、B360等其他芯片組雖然可以正常搭載這款處理器使用，卻不能進行超頻。
第二種是同一接口的處理器兼容性。在英特爾，雖然第六代、第七代、第八代和第九代處理器都使用LGA 1151接口，但它們使用三代芯片組，即第六代100系列、第七代200系列和第89代300系列，而且互不兼容。
因此，雖然LGA 1151處理器的主板和任何LGA 1151接口都可以正常安裝，但它可能無法啟動和使用它。這個問題也會出現在即將推出的AMD第三代銳龍上，雖然它也是AM4接口，但基本上確定A 320將不再支持第三代銳龍。
